Variaciones de aminoácidos de la proteína spike de SARS-CoV-2 secuenciados en América del Sur

Abstract

Introducción: La proteína spike está implicada en el tropismo celular, la patogenia y la antigenicidad cambiante de los coronavirus; son conocidas las secuencias de nucleótidos y aminoácidos del SARS-CoV-2, así como sus variaciones que este nuevo coronavirus presenta en relación con otros tipos de coronavirus, pero no se han descrito las variaciones de los aminoácidos de la proteína spike en los diferentes países de América del Sur donde ha sido secuenciado el genoma de SARS-CoV-2. Objetivo: Describir las variaciones de aminoácidos de la proteína spike en genomas del SARS-CoV-2 secuenciados en América del Sur. Materiales y métodos: Estudio observacional, descriptivo, retrospectivo, transversal. Población: Genes de la proteína spike de secuenciamientos completos en países de América del Sur publicados en la base de datos GISAID hasta el 20 de septiembre del 2021. Procedimiento: Se realizó un análisis bibliográfico científico para obtener una visión general de las mutaciones en la proteína spike del SARS-CoV-2 de las cepas circulantes en América del Sur; para lo cual se descargó de la base de datos de GISAID, la secuencia de aminoácidos de la proteína spike natural de Wuhan-China y todas las secuencias completas de proteína spike del genoma de SARS-Cov-2 secuenciados en América del Sur; luego se realizó un filtro de secuencias con el uso de un código escrito en Python y un alineamiento múltiple de las secuencias de aminoácidos de la proteína spike con el uso de un software de acceso libre MAFFT; posteriormente se descargaron y visualizaron las secuencias con ayuda del programa Jalview, se realizó un análisis e interpretación de datos y finalmente se crearon tablas y gráficos que permiten observar las variaciones de los aminoácidos de la proteína spike. Los resultados describen la mayor cantidad de variaciones en los aminoácidos que se encuentran en la región bisagra llamada RBD de la proteína spike.